水冷散热器的水冷系统一般由以下几部分构成：热交换器、循环系统、水箱、水泵和水，根据需要还可以增加散热结构。

       而水因为其物理属性，导热性并不比金属好（风扇制冷通过金属导热），但是，流动的水就会有很好的导热性，也就是说，水冷散热器的散热性能与其中散热液（水或其他液体）流速成正比，制冷液的流速又与制冷系统水泵功率相关。而且水的热容量大，这就使得水冷制冷系统有着很好的热负载能力。导致的直接好处就是CPU工作温度曲线比较平缓。比如，使用风冷散热器的系统在运行CPU负载较大的程序时会在短时间内出现温度热峰，或有可能大于CPU警戒温度，而水冷散热器的散热系统则由于热容量大，热波动相对要小得多。